生物有机肥可以调节土壤，激活土壤中微生物的活性率，克服土壤压实，增加土壤透气性。减少水分流失和蒸发，减少干旱压力，保存肥料，减少化肥，减少盐害，在减少化肥用量或逐步取代化肥的情况下，提高土壤肥力，使粮食作物、经济作物、蔬菜、水果和蔬菜产量大大增加。
增强作物抗病性和抗逆性，减少作物连作引起的病害和土传病害，降低病害发生率:对花叶病、黑胫病、炭疽病防治有较好的效果，增强作物对不利环境的综合防御能力。化肥用量的减少相应地降低了农产品中硝酸盐的含量。结果表明:生态有机肥可使蔬菜硝态氮含量平均降低48.3~87.7，氮、磷、钾含量平均提高5~20，维生素C增加，总酸含量降低，还原糖增加，糖酸比增加，尤其是番茄、生菜、黄瓜等，可明显改善生食部位的口感。
