1. 土壤的湿度
菌种在水分适宜的土壤中才可以生长繁殖，土壤不应过干或过湿，施用菌肥后要立即浇透水，但大多数的菌种属于好氧菌，应进行划锄提高土壤的透气性，避免因缺氧造成菌失活。
2. 土壤的温度
18—25的温度之间，菌种的生命活动是最活跃的。当温度降到10度以下就会降低生命活动的活跃性，降到5度以下就会导致菌进入到休眠状态甚至导致其死亡。
冬天施用微生物肥料，尽量在大棚作物中施用，并且应将白天的温度保持在25—30度之间，晚上时温度较低，可采取覆盖地膜、秸秆等措施保温，也可以通过补光灯的方式提高温度。
3.土壤的酸碱度
最适宜菌种繁殖的土壤pH值在6.5—7.5之间，过酸或过碱的土壤，不利于菌种的存活。
另外菌的生命活动需要通过分解有机质提供的能量，所以在施用菌肥之间要确定土壤中有机质的含量充足，因此想要菌肥效果好，需要改善土壤酸碱度，配合使用有机肥。
除了以上几点，在购买微生物肥料时不要因为便宜或其他原因购买较多的肥料，这样会影响肥效，并且储存时也要格外注意：
4. 长期放置影响菌的活性
微生物肥料主要是依靠活性菌在起作用，但是菌种有一定的保存期限，目前大多数的活菌产品的保质期都在一年，最长一般不会超过两年的时间。
所以购买后的肥料要尽快使用，不要大量囤货，否则长期放置很有可能会使菌的休眠期被打败，导致菌的死亡。
5. 正确的存放地点
为了保证菌的活性，要将其放置在阴凉、干燥、通风，并且避免阳光直射的地方，一旦环境遭受破坏就会导致菌失活。
